Interi genomi assemblati in pochi minuti su comuni pc

Set 15, 2021

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    (ANSA) – MILANO, 15 SET – Basta un comune pc per assemblare
    in pochi minuti interi genomi, che siano di virus, moscerini o
    esseri umani: a rendere possibile questo ‘sprint’ nella ricerca
    è una nuova tecnica che risulta essere cento volte più veloce
    delle attuali nonostante sfrutti solo un quinto delle risorse
    informatiche. Lo dimostra uno studio pubblicato sulla rivista
    Cell Systems dai ricercatori del Massachusetts Institute of
    Technology (Mit) in collaborazione con l’Istituto Pasteaur di
    Parigi.
        La nuova tecnica deve la sua efficienza alla capacità di dare
    una rappresentazione più compatta del genoma, non per singole ‘lettere’ (nucleotidi) ma per brevi ‘parole’ (sequenze di
    nucleotidi). Oltre ad accelerare la ricerca, potrà migliorare la
    diagnostica contribuendo a salvare vite umane. La capacità di
    ricostruire rapidamente interi genomi può rivelarsi cruciale ad
    esempio “per verificare cambiamenti del microbioma intestinale
    legati a malattie e infezioni batteriche come la sepsi, cosa che
    permette di trattare tempestivamente i pazienti”, spiega Bonnie
    Berger, matematica del Mit.
        Il metodo è stato messo alla prova per assemblare dati relativi
    al moscerino della frutta e al genoma umano: il software ha
    impiegato un trentatreesimo del tempo e un ottavo della Ram
    rispetto alle altre tecniche attualmente disponibili. Il metodo
    è stato poi usato per creare l’indice di una raccolta di oltre
    600.000 genomi batterici, la più grande del suo genere: il
    software ha permesso di passare in rassegna tutta la collezione
    per individuare i geni di resistenza agli antibiotici in appena
    13 minuti invece che sette ore. (ANSA).
       


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